肛肠疾病的治疗，总的来讲，不外乎非手术疗法和手术疗法两种。
非手术治疗可分为内治法和外治法。中医的内治法是根据病人的症状而辨证施治。如内痔出血量少，色鲜红或外痔红肿触痛，伴口渴喜饮，大便秘结，小便短赤，舌质红，苔黄，脉洪数等，这是典型的血热风燥证，治以清热凉血，祛风润燥，方用凉血地黄汤、槐角丸、黄连解毒汤、秦艽苍术汤等。目前，有些中药厂家根据常见的痔病证型而研制出服用方便的中成药如消脱止、痔宁片、三七化痔丸等。西药厂家也从天然植物中提取出有效成分制成复合制剂，对痔病的症状控制也有一定的效果，如痔根断、强力脉痔灵等。外治法有熏洗法、外敷法、塞药法、枯痔法、冷冻疗法和激光疗法。此类方法直接作用于肛门局部以达到减轻局部炎症、促进血液循环、萎缩痔核等作用。
手术疗法是肛肠科最常用的治疗方法。尤其痔疮、肛瘘、陈旧性肛裂、直肠息肉等。即如肛门直肠周围脓肿，在抗炎、内服汤剂、外敷药物治疗效果不明显并已形成脓肿时，也需配合手术治疗，使其排出脓毒，除去病灶，促使病人早日康复。由于病种不同，征候各异，手术方法也多种多样。常用的有开刀法、结扎法、挂线法、电烙法、注射法等数种。(注：西医将中医的开刀法定义为手术治疗，而其他如结扎法、注射法等归纳入非手术治疗范畴。)
肛肠病是指发生于肛门直肠部位的疾病及部分结肠疾病，包括痔疮、肛裂、肛门直肠周围脓肿、肛瘘、直肠脱垂、直肠息肉、肛管直肠癌、结肠炎等。其病种繁多，每种疾病各有其不同的治疗原则。但总的来讲．不外乎非手术疗法和手术疗法两种。一般来说，疾病初期症状及体征不是十分严重时采取非手术疗法。如内痔初期偶尔便血且量少者、肛裂初发者、轻度直肠脱垂者，多用内治法即可缓解症状。而对于肛门直肠周围脓肿、肛瘘、肛管直肠癌
等疾病．则非手术治疗不能根治。但对于体质虚弱、感染严重、范围太广或兼有其池严重疾病等手术禁忌证者，则不能手术治疗。而有时在手术治疗后，可辅以非手术治疗方法以减少和缓解术后并发症及促进伤口愈合。非手术治疗可分为内治法和外治法。中医的内冶法则是根据患者的症状而辨证施治，如内痔出血量少，色鲜红或外痔红肿触痛，伴口渴喜饮，大便秘结，小便短赤，舌质红，苔黄，脉洪数等。这是典型的血热风燥证，治以清热凉血，祛风
润燥。方用凉血地黄汤、槐角丸、黄连解毒汤、秦艽苍术汤等。目前有些中药厂家根据常见的痔病证型而研制出服用方便的中成药如痔宁片，三七化痔丸等。西药厂家也从天然植物中提取出有效成分制成复合制剂，对痔病的症状控制也有一定的效果，如痔根断等。外治法有薰洗法、外敷法、塞药法、枯痔法、冷冻疗法和激光疗法。此类方法直接作用于肛门局部以达到减轻局部炎症、促进血液循环、萎缩痔核等作用．其中前三种疗法亦可用于手术后伤口的换药。对于非手术治疗无效且无明显手术禁忌证者，可采用手术疗法。手术疗法因疾病的不同而不同．同一种疾病也有不同的术式，医生会根据情况而选用．在此就不一一赘述了。
另外，气功疗法及针灸疗法也可用于治疗肛肠疾病。
